RESUMO A atrazina é um herbicida sintético comumente utilizado no controle de ervas gramíneas daninhas e folhagens em lavouras, e é um dos principais contaminantes dos solos e dos ecossistemas aquáticos. Muitos métodos têm sido sugeridos para remover herbicidas da água potável. Contudo, esses métodos são custosos, muitos têm problemas de desempenho, produzem diversos subprodutos intermediários tóxicos, prejudiciais e perigosos. Entretanto, a atrazina é susceptível à degradação por microrganismos presentes na água, no sedimento e no esgoto. Considerando esses aspectos, o objetivo principal do estudo foi investigar a biodegradação e a filtração por meio de filtros de carvão com atividade biológica (CAB) para remoção da atrazina, e sua identificação filogenética associada a esses microrganismos. Os resultados demonstraram que a atrazina foi degradada por microrganismos presentes no biofilme, com remoção superior a 89% nos filtros CAB. Os microrganismos encontrados integram-se ao grupo das bactérias, composto dos gêneros Acinetobacter,Bacillus, Exiguobacterium e Pseudomonas. Este estudo nos permite inferir sobre a capacidade de biodegradação da atrazina por bactérias presentes nos filtros CAB, a capacidade de remover herbicidas por meio desse sistema de filtros e a possível utilização dessa tecnologia como alternativa para o controle e a remoção dessa substância no tratamento de água.

ABSTRACT Atrazine is a synthetic herbicide commonly used to control weeds and foliage in crops, and is a major contaminants of soil and water ecosystems. Many methods have been suggested to remove herbicides from drinking water. However, these methods are very costly, many have performance problems, produce a lot of toxic intermediates which are very harmful and dangerous. However, atrazine is susceptible to degradation by microorganism present in water, sediment, and sewage effluents. Considering these aspects, the main objective of the study was to investigate the biodegradation and filtration for using biological activated carbon (BAC) filters to remove atrazine, and their phylogenetic identification associated with these microorganisms. The results showed that atrazine was biodegraded by microorganism present in the biofilm, with removal over 80% in BAC filters. The microorganisms found integrate to the group of bacteria, composed by the genera Acinetobacter, Bacillus, Exiguobacterium, and Pseudomonas. This study allows us to infer the ability to biodegrade atrazine by bacteria present in BAC filters and capacity to remove herbicides by BAC filters, and the possible use of this technology as an alternative for the control and removal of this substance in water treatment.

Abstract Human activities on the Earth's surface change the landscape of natural ecosystems. Mining practices are one of the most severe human activities, drastically altering the chemical, physical and biological properties of the soil environment. Bacterial communities in soil play an important role in the maintenance of ecological relationships. This work shows bacterial diversity, metabolic repertoire and physiological behavior in five ecosystems samples with different levels of impact. These ecosystems belong to a historical area in Iron Quadrangle, Minas Gerais, Brazil, which suffered mining activities until its total depletion without recovery since today. The results revealed Proteobacteria as the most predominant phylum followed by Acidobacteria, Verrucomicrobia, Planctomycetes, and Bacteroidetes. Soils that have not undergone anthropological actions exhibit an increase ability to degrade carbon sources. The richest soil with the high diversity was found in ecosystems that have suffered anthropogenic action. Our study shows profile of diversity inferring metabolic profile, which may elucidate the mechanisms underlying changes in community structure in situ mining sites in Brazil. Our data comes from contributing to know the bacterial diversity, relationship between these bacteria and can explore strategies for natural bioremediation in mining areas or adjacent areas under regeneration process in iron mining areas.

RESUMO: O objetivo deste estudo foi avaliar a adição de doses de carboidratos em meio de cultura ½ MS para a propagação da orquídea Cattleya schilleriana. Plântulas com 120 dias após semeadura foram recultivadas em 12 tratamentos, onde foram investigadas a adição de diferentes doses de frutose, glicose e sacarose (0, 15, 30 e 45g L-1). O delineamento utilizado foi inteiramente casualizado com quatro repetições por tratamento. Após 120 dias nos tratamentos, foram mensurados o número de raízes, comprimento da maior raiz, número de folhas, comprimento da maior folha e massa fresca total. Depois as plântulas foram aclimatizadas em casa de vegetação e avaliada a taxa de sobrevivência após 75 dias. Os dados obtidos foram submetidos ao teste de Tukey a 5% de probabilidade e ajustadas curvas de regressão. A ausência de carboidrato reduziu o crescimento das plântulas entre todas as características avaliadas in vitro e ex vitro. As doses de glicose promoveram maior eficiência para o crescimento in vitro e sobrevivência acima de 90% após a aclimatização. Assim, a adição de glicose (30g L-1) ou sacarose (30g L-1) são recomendadas para a propagação massal de C. schilleriana.

ABSTRACT: The aim of the present study was to evaluate the effects of carbohydrate supplementation on the propagation of the orchid Cattleya schilleriana. The 120-d-old seedlings were subcultured in fructose-, glucose-, or sucrose-supplemented (0, 15, 30, and 45g L-1) ½ MS culture medium (half-strength macronutrient concentrations), using a completely random design with four repetitions per treatment. After 120d of treatment, root number and length, leaf number and length, and fresh weight were evaluated, and seedling survival was evaluated after 75d of acclimatization in a greenhouse. The in vitro growth data were submitted to regression analysis, whereas the percentage survival data were analyzed using ANOVA and Tukey’s test. Both in vitro growth and ex vitro survival were lowest when the plantlets were grown in the absence of a carbohydrate source and highest (>90% survival) when supplemented with glucose. According to our findings, the addition of either glucose (30g L-1) or sucrose (30g L-1) is recommended for mass propagation of C. schilleriana.

RESUMO O modo de vida das sociedades modernas originou o aporte diário, nos ambientes aquáticos, de fármacos e outras inúmeras moléculas de uso contínuo, compostos emergentes, com potencial de risco à saúde humana principalmente pela exposição em razão da inevitável contaminação dos mananciais de abastecimento de água e da transferência para as estações de tratamento de água (ETA), onde não são removidos. O uso de carvão ativado granular na filtração demonstra ser uma opção viável para ETA, porém, uma eficiência satisfatória requer regeneração periódica do material, onerando o tratamento. Contudo, observa-se que em baixas taxas de filtração a colonização natural dos filtros por microrganismos - formação de biofilme - pode ser uma alternativa para aumentar o tempo de vida útil do carvão, bem como para decompor essas moléculas complexas em elementos minerais assimiláveis, reintroduzindo-os nos ciclos biogeoquímicos naturais. Este trabalho avaliou, durante 24 semanas, em condições de laboratório, o carvão ativado com biofilme como meio filtrante para remoção dos fármacos: diclofenaco de sódio, ibuprofeno, naproxeno e amoxicilina; experimentou em sistema batch o potencial dos microrganismos colonizadores de filtros em degradar os fármacos testados, assim como identificou filogeneticamente os microrganismos predominantes na biodegradação. Os resultados demonstram a remoção dos fármacos acima de 80%. Constatou-se a presença das bactérias dos gêneros Bacillus , Burkholderia , Cupriavidus , Pseudomonas , Shinella , e Sphingomonas . Este estudo permite inferir a capacidade de remoção de fármacos por bactérias presentes em filtros de carvão ativado e o possível uso dessa tecnologia como alternativa de controle e remoção dessas substâncias no tratamento de água potável.

ABSTRACT The way of life of modern societies has originated the daily intake of pharmaceuticals and numerous other molecules of continuous use in aquatic environments, emerging compounds that brings potential risk for human health mainly due to exposure resulted from the inevitable contamination of sources of drinking water supply and its transference to the water treatment plants (WTP) where they are not removed. The use of granular activated carbon in filters proves to be a viable option for WTP, but satisfactory efficiency requires periodic regeneration of the material, burdening the treatment costs. However, it is noted that under low filtration rates, the natural colonization of filters by microorganisms - biofilm formation - may be an alternative for increasing the lifetime of carbon, as well as to decompose these complex molecules into assimilable mineral elements, thereby reintroducing them to the natural biogeochemical cycles. This study evaluated the activated carbon with biofilm as the filter media, during 24 weeks, under laboratory conditions, considering the removal of the pharmaceuticals diclofenac sodium, ibuprofen, naproxen and amoxicillin; experienced under batch system the potential of the microorganisms adhering to the filters in degrade the tested drugs, as well as phylogenetically identified the predominant microorganisms in biodegradation. The results show drug removal over 80%. It was observed the presence of the bacteria genus Bacillus, Burkholderia, Cupriavidus, Pseudomonas, Shinella and Sphingomonas. This study allows us to infer the capacity to remove pharmaceuticals by the bacteria present in the activated carbon filters, and the possible use of this technology as an alternative for control and removal of these substances in drinking water treatment.

RESUMO Atenção crescente tem sido dada, nas últimas décadas, à produção de exopolissacarideos (EPS) a partir de rizóbio, em razão das suas diversas aplicações biotecnológicas. Uma ampla caracterização de biopolímeros envolve a avaliação de suas propriedades químicas, físicas e biológicas, sendo um fator-chave para entender o seu comportamento em diferentes ambientes, o que permite prever suas potenciais aplicações. Objetivou-se estudar os EPS produzidos pelas espécies de Mesorhizobium huakuii LMG14107, M. loti LMG6125, M. plurifarium LMG11892, Rhizobium giardini bv. giardini H152T, R. mongolense LMG19141 e Sinorhizobium (= Ensifer) kostiense LMG19227 em meio RDM com glicerol como fonte de carbono. Esses biopolímeros foram isolados e caracterizados por Cromatografia Líquida de Alta Eficiência de Fase Reversa (RP-HPLC), Ressonância Magnética Nuclear (NMR) e Infravermelho por Transformada de Fourier (FTIR). A máxima produção de exopolissacarídeo foi de 3,10; 2,72 e 2,50 g L-1 para as estirpes LMG6125, LMG19227 e LMG19141, respectivamente. Os EPS purificados revelaram proeminentes grupos funcionais, como hidroxilo e carboxílico, o que corresponde a um heteropolissacarídeo. Os EPS são compostos principalmente por galactose e glucose. Outros componentes foram encontrados em menor concentração ramnose, ácido glucurônico e ácido galacturônico. Com base nas técnicas utilizadas, verificou-se que os EPS são heteropolissacarídeos específicos para cada espécie, compostos de açúcares comuns que são substituídos com porções de não hidratos de carbono. Os EPS rizobianos podem ser classificados em cinco grupos com base no tipo éster, como determinado a partir dos espectros de RMN de 13C. O conhecimento da composição EPS agora facilita novas investigações como a estrutura e propriedades reológicas dos polissacarídeos.

ABSTRACT Increasing attention has been given, over the past decades, to the production of exopolysaccharides (EPS) from rhizobia, due to their various biotechnological applications. Overall characterization of biopolymers involves evaluation of their chemical, physical, and biological properties; this evaluation is a key factor in understanding their behavior in different environments, which enables researchers to foresee their potential applications. Our focus was to study the EPS produced by Mesorhizobium huakuii LMG14107, M. loti LMG6125, M. plurifarium LMG11892,Rhizobium giardini bv. giardiniH152T, R. mongolense LMG19141, andSinorhizobium (= Ensifer)kostiense LMG19227 in a RDM medium with glycerol as a carbon source. These biopolymers were isolated and characterized by reversed-phase high-performance liquid chromatography (RP-HPLC), Fourier transform infrared (FTIR), and nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopies. Maximum exopolysaccharide production was 3.10, 2.72, and 2.50 g L-1for the strains LMG6125, LMG19227, and LMG19141, respectively. The purified EPS revealed prominent functional reactive groups, such as hydroxyl and carboxylic, which correspond to a typical heteropolysaccharide. The EPS are composed primarily of galactose and glucose. Minor components found were rhamnose, glucuronic acid, and galacturonic acid. Indeed, from the results of techniques applied in this study, it can be noted that the EPS are species-specific heteropolysaccharide polymers composed of common sugars that are substituted by non-carbohydrate moieties. In addition, analysis of these results indicates that rhizobial EPS can be classified into five groups based on ester type, as determined from the 13C NMR spectra. Knowledge of the EPS composition now facilitates further investigations relating polysaccharide structure and dynamics to rheological properties.

O estudo foi realizado para caracterizar a diversidade bacteriana por meio do sequenciamento parcial do 16S rDNA total e microscopia eletrônica de varredura (MEV) do microbioma ruminal. Foram utilizados três bovinos da raça Nelore, canulados no rúmen. As frações líquidas e sólidas do conteúdo ruminal foram processadas para extração de DNA metagenômico. Em seguida, amplicons 16S rDNA foram utilizados na construção da biblioteca WGA para posterior sequenciamento dos clones. Os dados foram analisados pelos softwares MEGA e MOTHUR (The University of Michigan). Aproximadamente 97,96% das UTOs foram relacionadas ao filo Bacteroidetes e apenas 2,04% das sequências foram afiliadas ao filo Firmicutes. Para o filo Bacteroidetes, grande parte das sequências (47,96%) foi atribuída ao gênero Prevotella. O filo Bacteroidetes foi predominante no conteúdo ruminal e o gênero Prevotella foi o mais abundante, incluindo diversas espécies relacionadas a esse nível taxonômico. A diversidade morfológica bacteriana associada às fibras vegetais foi detectada por MEV, evidenciando seu papel na desconstrução da biomassa vegetal, além da detecção de interações microbiológicas que envolvem protozoários.

The bacterial diversity by 16S rDNA partial sequencing and scanning electron microscope (SEM) of the rumen microbiome was characterized. Three Nellore bovines, cannulated at the rumen, were utilized. Liquid and solid fractions from the rumen content were processed for the extraction of metagenomic DNA and later 16S rDNA amplicons were utilized to construct the WGA library for further clone sequencing. Data were analyzed by MEGA and MOTUR (University of Michigan) softwares. Approximately 97.96% of operation taxonomic units (OTUs) were related to Bacteriodetes phylum and 2.04% of sequences were affiliated to Firmicutes phylum. In the case of Bacteriodetes, the great part of sequences (47.96%) was attributed to Prevotella genus. Bacteroidetes phylum was predominant in rumen content and the Prevotella genus was the most abundant, including diverse species related to this taxon. The bacterial morphological diversity associated to plant fibers was detected by SEM and showed its role in plant biomass deconstruction beyond the detection of microbiological interactions that involved protozoa.

The discovery of secondary metabolites produced by microorganisms (e.g., penicillin in 1928) and the beginning of their industrial application (1940) opened new doors to what has been the main medication source for the treatment of infectious diseases and tumors. In fact, approximately 80 years after the discovery of the first antibiotic compound, and despite all of the warnings about the failure of the "goose that laid the golden egg," the potential of this wealth is still inexorable: simply adjust the focus from "micro" to "nano", that means changing the look from microorganisms to nanograms of DNA. Then, the search for new drugs, driven by genetic engineering combined with metagenomic strategies, shows us a way to bypass the barriers imposed by methodologies limited to isolation and culturing. However, we are far from solving the problem of supplying new molecules that are effective against the plasticity of multi- or pan-drug-resistant pathogens. Although the first advances in genetic engineering date back to 1990, there is still a lack of high-throughput methods to speed up the screening of new genes and design new molecules by recombination of pathways. In addition, it is necessary an increase in the variety of heterologous hosts and improvements throughout the full drug discovery pipeline. Among numerous studies focused on this subject, those on polyketide antibiotics stand out for the large technical-scientific efforts that established novel solutions for the transfer/engineering of major metabolic pathways using transposons and other episomes, overcoming one of the main methodological constraints for the heterologous expression of major pathways. In silico prediction analysis of three-dimensional enzymatic structures and advances in sequencing technologies have expanded access to the metabolic potential of microorganisms.

A persistência das microcistinas (MCs) em ambientes aquáticos e sua difícil remoção no tratamento convencional de água representam um desafio às companhias de saneamento. Contudo, as MCs são susceptíveis à degradação por bactérias presentes na água, sedimentos e efluentes de esgotos. Neste estudo, avaliou-se a biodegradação de MCs por microrganismos presentes em filtros de carvão com atividade biológica (CAB) e sua identificação filogenética pelo sequenciamento do gene 16S RNA. Foi utilizada uma água de estudo contendo MCs com diferentes composições, acrescida de efluente de filtros CAB. Os resultados demonstraram que as MCs foram biodegradadas por microrganismos presentes no biofilme. Este estudo infere sobre a capacidade de biodegradação de MCs por bactérias presentes em filtros CAB e o possível uso destes microorganismos como alternativa de remoção de MCs no tratamento de água potável.

The persistence of MCs in aquatic environments and their difficult removal in the conventional water treatment is a challenge to companies of sanitation. However, the MCs are susceptible to degradation by bacteria present in water, sediment and sewage effluents. In this study, we investigated the biodegradation of MCs by microorganism present in carbon filters with biological activity (BAC) and their phylogenetic identification by sequencing gene 16S RNA. A study of water containing MCs was used, with different compositions, plus a filters BAC effluent. The results showed that of MCs were biodegraded by microorganism present in the biofilm. This study provides the ability to complete biodegradation of MCs by bacteria present in BAC filters and the possible use of these microorganisms as alternative of the removal of MCs in the treatment of drinking water

O presente estudo teve por objetivo analisar os aspectos da germinação e avaliar o efeito de concentrações de sacarose no crescimento in vitro de Cattleya violacea. Sementes provenientes de cápsulas fechadas foram semeadas em meio de cultura Murashige e Skoog (MS) e a morfologia externa da semente à plântula foi fotodocumentada em estereomicroscópio e microscópio eletrônico de varredura. Plântulas com 90 dias após a semeadura foram repicadas em meio de cultura ½ MS (com metade da concentração de macronutrientes) com diferentes concentrações de sacarose (0, 10, 20, 30 e 40 g L-1), incubadas nas mesmas condições in vitro por mais 150 dias e em seguida as plântulas foram avaliadas quanto ao número de raízes, comprimento da maior raiz, número de folhas, comprimento da parte aérea, massa fresca e seca total. Os dados biométricos foram submetidos à análise estatística e a eles ajustadas curvas de regressão. As sementes apresentaram testa reticulada com uma extremidade micropilar (aberta) e calazal (fechada); o embrião originou uma estrutura tuberiforme clorofilada denominada protocormo que pode apresentar rizóides, folíolos e quando provido de raiz é considerado plântula. A ausência de açúcar ou a maior concentração avaliada de sacarose foram prejudiciais ao crescimento da planta. A concentração de 27 g L-1 proporcionou maior crescimento in vitro possibilitando maior eficiência para a propagação massal dessa espécie de elevado potencial ornamental.

The aims of this study were to analyze the initial germination aspects and evaluate the effect of sucrose concentrations on in vitro growth of Cattleya violacea. Mature seeds from closed pods were sowed on MS (Murashige and Skoog) culture medium. The external morphology of seed and plantlets were documented by light and scanning electron microscopy. Plantlets with 90 days after sowing were subcultured on ½ MS (with half-strength macronutrients concentrations) culture medium with different sucrose concentrations (0, 10, 20, 30 and 40 g L-1), incubated under the same in vitro conditions during more 150 days followed by the evaluation of root number, root length, shoot length, fresh and dry weight. The biometric data were statistically analyzed and regression curves constructed. The seeds showed reticulate seed coat with a micropylar (opened) and chalazal (closed) end; the embryo results a chlorophyllated tuberiforme structure called protocorm, which may have rhizoids, leaflets and is considered plantlet when it has root. Absence of sucrose or the highest evaluated sucrose concentration was detrimental for plant growth. The concentration of 27 g L-1 provided the highest in vitro growth enabling great efficiency for mass propagation of this species of high ornamental potential.

O rambutan é uma frutífera exótica que apresenta alto potencial de mercado, e suas mudas podem ser obtidas por sementes ou vegetativamente. A produção de mudas via sementes é rotineiramente feita no Estado de São Paulo, tendo-se alta variabilidade no pomar, além de demorar mais tempo para entrar em produção. Embora caracteres morfológicos sejam amplamente usados na diferenciação de variedades, as técnicas moleculares permitem a comparação e a identificação genética dos materiais. Diante disso, o presente trabalho foi realizado, comparando progênies e plantas-matrizes de rambutan, por fAFLP. As análises foram realizadas no Laboratório de Bioquímica de Microrganismos e Plantas, do Departamento de Tecnologia - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias - UNESP - Câmpus de Jaboticabal-SP, utilizando 06 plantas de rambutan, denominadas: A; B; C; D; E e F. Foram coletadas folhas de 15 plântulas oriundas de cada planta-matriz e realizou-se a extração de DNA, sendo as amostras quantificadas em biofotômetro, e os marcadores fAFLP, obtidos de acordo com o protocolo AFLP Plant Mapping Protocol (Applied Biosystems), utilizando as combinações de pares de primers: ACG/CAC; ACT/CAT; ACA/CTT e ACC/CTT. Pode ser concluído que o uso de marcadores moleculares é eficiente na distinção de materiais e na obtenção de distância genética; não é recomendada a obtenção de mudas via sementes quando a finalidade é a de instalação de pomar comercial.

The rambutan is an exotic fruit that has a high market potential and the seedlings can be obtained by seed or vegetative. The production of seedlings by seed is routinely done in the state of São Paulo, having a high variability in the orchard, and take longer time to go into production. Although morphological characters are widely used in differentiation of the varieties, molecular techniques allow the comparison and identification of genetic material. Thus, the present research was realized, comparing rambutan stock plants and their progenies, by fAFLP. Analyses were realized at the Laboratory of Biochemistry of Microorganisms and Plants, Department of Technology - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias - UNESP - Jaboticabal/SP, using 06 plants of rambutan, denomined: A, B, C, D, E and F. Were collected leaves of 15 seedlings derived from each stock plant and was done the DNA extraction, being the samples quantified according to AFLP Plant Mapping Protocol (Applied Biosystems), using combinations of pairs primers: ACG / CAC, ACT / CAT, ACA / CTT and ACC / CTT. Can be concluded that the use of molecular markers is effective to distinguish the materials and to obtain the genetic distance; is not recommended to obtain seedlings by seed when the purpose is to install a commercial orchard.

O objetivo deste estudo foi avaliar a adição de concentrações de carvão ativado em meio de cultura ½ MS (com metade da concentração dos macronutrientes) sob dois espectros luminosos para a obtenção de plântulas in vitro de Cattleya loddigesii. Plântulas com aproximadamente 90 dias foram subcultivadas em oito tratamentos, nos quais foi testada a adição ao meio de cultura ½ MS com carvão ativado (0; 0,5; 1,0 e 2,0g L-1) e combinados sob espectro de luz branca e luz vermelha. Após 180 dias da germinação, foram mensurados dados biométricos (raiz e parte aérea), massa fresca e teores de pigmentos fotossintéticos. Em plântulas aclimatizadas em casa de vegetação, foram avaliadas a taxa de sobrevivência após 120 dias. As concentrações de clorofila total, clorofila a e carotenoides foram maiores nos tratamentos sob luz branca, enquanto a luz vermelha influenciou significativamente maior clorofila b, plântulas com menos raízes e de menor comprimento e elevada mortalidade ex vitro. A adição de 2,0g L-1 de carvão ativado ao meio de cultura e o uso de luz branca proporcionaram maior eficiência de desenvolvimento tanto para as culturas in vitro quanto para a sobrevivência ex vitro das plantas.

The aim of this study was to evaluate the effect of different concentrations of activated charcoal in ½ MS (half concentration of macronutrients) culture medium under two light spectra on the in vitro growth of Cattleya loddigesii seedlings. Plantlets with approximately 90 days were subcultured under eight treatments, consisting of different active charcoal concentrations (0; 0.5; 1.0 and 2.0g L-1) in ½ MS medium combined with white and red light spectra. After 180 days of germination, biometric data, fresh weight, and the level of photosynthetic pigments were evaluated. Plantlets acclimatized in a greenhouse were evaluated for survival after 120 days. Total chlorophyll, chlorophyll a, and carotenoid concentrations were higher in treatments under white light, while red light promoted greater chlorophyll b, plantlets with fewer and shorter roots, and high ex vitro mortality. The addition of 2.0g L-1 of active charcoal to the culture medium and the use of white light provided greater development efficiency both on in vitro culture and ex vitro plant survival.

Bactérias produtoras de auxinas habitam raízes de orquídeas e podem trazer benefícios para a planta hospedeira. Plantas dessa família são multiplicadas em condições assimbióticas in vitro e pouco se conhece sobre a função desses microrganismos para a aclimatização ex vitro. Quatro rizobactérias isoladas da espécie Cattleya walkeriana foram avaliadas por sua capacidade de promoção do crescimento e sobrevivência de plântulas germinadas in vitro durante a aclimatização. Essas rizobactérias foram identificadas como Bacillus, Burkholderia, Enterobacter e Curtobacterium, com base no sequenciamento do gene 16S rRNA. A presença de compostos indólicos no sobrenadante filtrado de culturas líquidas foi quantificada por ensaios colorimétricos e cromatografia líquida de alta eficiência (CLAE). Ácidos 3-indol lático (AIL) e indol-3-acetaldeído (AIAld) foram encontrados em grande quantidade, exceto na cultura de Enterobacter sp., em que ácido 3-indol acético (AIA) e ácido 3-indol pirúvico (AIP) prevaleceram. As rizobactérias foram inoculadas em plântulas germinadas in vitro, aclimatizadas em casa de vegetação durante 90 dias e avaliadas quanto à sua capacidade de promover o crescimento. Burkholderia sp. e Curtobacterium sp. proporcionaram a menor eficiência para o crescimento, enquanto Bacillus sp. e Enterobacter sp. favoreceram incrementos em todas as características avaliadas e ampliaram a percentagem de sobrevivência. Este trabalho elucida a função de rizobactérias produtoras de auxinas e seus benefícios para a promoção de crescimento de uma orquídea brasileira germinada em condições assimbióticas durante a aclimatização - condição que confere alta letalidade e limitante para a propagação de orquídeas.

Auxin-producing bacteria inhabit the roots of orchids and can bring benefits to the host plant. Plants of this family are multiplied by in vitro assimbiotic conditions and little is known about the role of these microorganisms for ex vitro acclimatization. Four auxin-producing rhizobacteria isolated from the specie Cattleya walkeriana were evaluated for their ability to promote survival and growth of in vitro germinated plantlets during ex vitro acclimatization. Partial sequencing of the 16S rRNA genes of bacteria cultures from root velamen of this epiphytic species identified them as Bacillus, Burkholderia, Enterobacter and Curtobacterium. The presence of indole compounds in the filtered supernatants of liquid cultures was quantified by colorimetric assay and confirmed by HPLC. Indole-3-lactic acid (ILA) and indole-3-acetaldehyde (IAAld) were present in high quantities, except in Enterobacter sp. cultures, where in indole-3-acetic acid (IAA) and indole-3-pyruvic acid (IPA) were more prevalent. These rhizobacteria were inoculated into asymbiotically-germinated plantlets of the host orchid, acclimatized in greenhouse for 90 days and assessed for their growth-promoting ability. The lowest ability to promote growth was observed for Burkholderia sp. and Curtobacterium sp., while Bacillus sp. and Enterobacter sp. improved growth in all evaluated characteristics and increased the percentage of plantlet survival. This study highlights the role of auxin-producing rhizobacteria and their benefits for growth promotion of a Brazilian orchid germinated in asymbiotic conditions, during acclimatization, when plant mortality is high, limiting orchid propagation.

O objetivo deste trabalho foi validar, pela técnica de PCR quantitativo em tempo real (RT-qPCR) genes para serem utilizados como referência em estudos de expressão gênica em soja, em ensaios de estresse hídrico. Foram avaliados quatro genes comumente utilizados em soja: Gmβ-actin, GmGAPDH, GmLectin e GmRNAr18S. O RNA total foi extraído de seis amostras: três amostras de raízes em sistema de hidroponia com diferentes intensidades de déficit hídrico (0, 25, 50, 75 e 100 minutos de estresse hídrico), e três amostras de folhas de plantas cultivadas em areia com diferentes umidades do solo (15, 5 e 2,5% de umidade gravimétrica). Os dados brutos do intervalo "cycle threshold" (Ct) foram analisados, e a eficiência de cada iniciador foi calculada para uma analise da Ct entre as diferentes amostras. A aplicação do programa GeNorm foi utilizada para a avaliação dos melhores genes de referência, de acordo com a estabilidade. O GmGAPDH foi o gene menos estável, com o maior valor médio de estabilidade de expressão (M), e os genes mais estáveis, com menor valor de M, foram o Gmβ-actin e GmRNAr18S, tanto nas amostras de raízes como nas de folhas. Estes genes podem ser usados em RT-qPCR como gens de referência para análises de expressão gênica.

The objective of this work was to validate, by quantitative PCR in real time (RT-qPCR), genes to be used as reference in studies of gene expression in soybean in drought-stressed trials. Four genes commonly used in soybean were evaluated: Gmβ-actin, GmGAPDH, GmLectin and GmRNAr18S. Total RNA was extracted from six samples: three from roots in a hydroponic system with different drought intensities (0, 25, 50, 75 and 100 minutes of water stress), and three from leaves of plants grown in sand with different soil moistures (15, 5 and 2.5% gravimetric humidity). The raw cycle threshold (Ct) data were analyzed, and the efficiency of each primer was calculated for an overall analysis of the Ct range among the different samples. The GeNorm application was used to evaluate the best reference gene, according to its stability. The GmGAPDH was the least stable gene, with the highest mean values of expression stability (M), and the most stable genes, with the lowest M values, were the Gmβ-actin and GmRNAr18S, when both root and leaves samples were tested. These genes can be used in RT-qPCR as reference gene for expression analysis.

Estudos sobre a atividade microbiológica que ocorre na rizosfera de diversos vegetais levaram ao descobrimento de grupos de microrganismos importantes para o desenvolvimento vegetal. Dentre eles estão as rizobactérias que são capazes de colonizar as raízes, estimulando-a diretamente ou beneficiando o crescimento e o desenvolvimento de diversas plantas. Estas bactérias são chamadas Rizobactérias Promotoras de Crescimento em Plantas (RPCP). Este trabalho teve o objetivo de isolar, identificar, testar a capacidade da solubilização de fosfato e a produção de ácido indol acético (AIA) de bactérias que habitam a rizosfera de plantas de milho. A análise parcial do gene 16S rRNA dos 58 isolados possibilitou a identificação dos gêneros, Bacillus, Burkholderia e Azospirillum, sendo os mais frequentes totalizando 68% dos isolados, seguidos de Sphingomonas, Pseudomonas, Herbaspirillum, Pantoea , Bosea. Desses, 27 apresentaram a capacidade de solubilização do fosfato e 18 foram positivos no teste colorimétrico para detecção de produção do AIA. A partir destes resultados, selecionou-se um organismo pertencente ao gênero Sphingomonas para ser testado em casa de vegetação como promotor de crescimento com as estirpes de Azospirillum brasilense (AbV5 e AbV6). As plantas foram avaliadas quanto à altura aos vinte e setenta dias após a germinação e a massa seca da parte aérea (MSPA)e parte radicular (MSPR) foi quantificada após setenta dias no encerramento do experimento. Os resultados das análises do isolado pertencente ao gênero Sphingomonas foram estatisticamente semelhantes às estirpes AbV5 e AbV6 na planta de milho indicando que este microrganismo possui potencial para ser utilizado como RPCP

Researches about microbiological activity on many plants rizosphere led to the discovery of groups of important microrganisms for plants development. Among them there are the rizobacteria able to colonize the roots, stimulating directly or benefiting many plants. These bacteria are called Growth Promoting Rizobacteria or GPR. In view of this, the present study was performed, aiming to isolate, identify and test phosphate solubilization and acetic indol acid (AIA) production in bacteria that lives in maize roots. The partial analysis of the 16S rRNA gene of the 58 isolates enabled the identification of the genres Bacillus, Burkholderia and Azospirillum, and the most frequent totaling 86% of the isolates, followed by Sphingomonas, Pseudomonas, Herbaspirillum, Pantoea and Bosea. Out of the 58 isolates, 27 showed the capacity of phosphate solubilization and 18 were positive to the AIA production colorimetric detection test. From these results was chosen an organism belonging to the genre Sphingomonas to be tested at greenhouse as growth promoter with the strains Azospirillum brasiliense (AbV5 e AbV6). The plants were assessed twenty and seventy days after germination. Dry mass of shoot and root parts were quantified after seventy days at the end of the experiment. Statistical analysis indicated by the program Statistix v.9.0 showed that the isolates belonging to the genre Sphingomonas presented similar results as shown by strains AbV5 and AbV6 on maize plant. This microorganism may become a promising one to be used as a GPR

O óleo diesel é um composto derivado do petróleo, constituído basicamente por hidrocarbonetos. Condições precárias no processo de transporte e armazenagem desse produto contribuem significativamente para derrames acidentais, ocasionando sérios problemas ecológicos no solo e água, alterando assim toda a diversidade microbiológica do ambiente. A estratégia de clonagem e sequenciamento do gene 16S rRNA é uma das técnicas moleculares que permitem estimar e comparar a diversidade microbiana de diferentes amostras ambientais, sejam elas impactadas ou não. O objetivo deste trabalho foi estimar a diversidade de microrganismos pertencentes ao domínio Bacteria em um consórcio degradador de óleo diesel por meio de sequenciamento parcial do gene 16S rRNA. Após extração do DNA metagenômico, o material foi amplificado por reação de PCR com oligonucleotídeos iniciadores específicos para o gene 16S rRNA. Os produtos da reação de PCR foram clonados em vetor pGEM T Easy (Promega) e transformados em células competentes de Escherichia coli. O sequenciamento parcial dos clones foi feito com oligonucleotídeos universais do vetor. A biblioteca obtida gerou 431 clones. Todos os clones mostraram similaridade com o filo Proteobacteria, onde as Gammaproteobacteria compreenderam o grupo de maior representatividade, com 49,8 % dos clones, seguida das Alphaproteobacteira, com 44,8 %, e das Betaproteobacteria, com 5,4 %. O gênero Pseudomonas destacou-se como representante com maior frequência de clones na biblioteca, seguido pelos gêneros Parvibaculum e Sphingobium. Após o sequenciamento parcial do gene 16S rRNA, a diversidade bacteriana do consórcio foi estimada utilizando-se o software DOTUR. Essas sequências, quando comparadas com as do banco do National Center for Biotechnology Information (NCBI), mostraram grande correlação entre os dados gerados pelo software utilizado e aqueles depositados no NCBI.

Diesel oil is a compound derived from petroleum, consisting primarily of hydrocarbons. Poor conditions in transportation and storage of this product can contribute significantly to accidental spills causing serious ecological problems in soil and water and affecting the diversity of the microbial environment. The cloning and sequencing of the 16S rRNA gene is one of the molecular techniques that allows estimation and comparison of the microbial diversity in different environmental samples. The aim of this work was to estimate the diversity of microorganisms from the Bacteria domain in a consortium specialized in diesel oil degradation through partial sequencing of the 16S rRNA gene. After the extraction of DNA metagenomics, the material was amplified by PCR reaction using specific oligonucleotide primers for the 16S rRNA gene. The PCR products were cloned into a pGEM-T-Easy vector (Promega), and Escherichia coli was used as the host cell for recombinant DNAs. The partial clone sequencing was obtained using universal oligonucleotide primers from the vector. The genetic library obtained generated 431 clones. All the sequenced clones presented similarity to phylum Proteobacteria, with Gammaproteobacteria the most present group (49.8 % of the clones), followed by Alphaproteobacteira (44.8 %) and Betaproteobacteria (5.4 %). The Pseudomonas genus was the most abundant in the metagenomic library, followed by the Parvibaculum and the Sphingobium genus, respectively. After partial sequencing of the 16S rRNA, the diversity of the bacterial consortium was estimated using DOTUR software. When comparing these sequences to the database from the National Center for Biotechnology Information (NCBI), a strong correlation was found between the data generated by the software used and the data deposited in NCBI.